Setiap kegiatan pengambilan mineral bukan logam dan batuan dipungut pajak dengan nama Pajak Mineral Bukan Logam dan Batuan. Subjek Pajak Mineral Bukan Logam dan Batuan adalah orang pribadi atau Badan. Wajib Pajak Mineral Bukan Logam dan Batuan adalah orang pribadi atau Badan yang mengambil mineral bukan logam dan batuan. Presentase Pemerintah daerah berwenang menetapkan seluruh objek tersebut untuk dipungut pajak atau hanya sebagian saja sesuai potensi sumber daya mineral bukan logam dan batuan yang dimiliki masing-masing daerah. Misalnya, objek mineral bukan logam dan batuan di Kota Jayapura hanya meliputi pasir dan kerikil/krakal, batu kapur, dan mineral bukan logam dan batuan lainnya.
Wajib Pajak yang baru wajib melaporkan atau mendaftarkan usaha sebagai wajib pajak ke bagian pelayanan di Bidang Pendaftaran dan Pendataan untuk mendapatkan Nomor Pokok Wajib Pajak Daerah (NPWPD) dengan menggunakan Surat Pendaftaran Obyek Pajak Daerah (SPOPD) dengan melampirkan surat-surat sebagai berikut :
Setelah wajib pajak melaporkan omzetnya maka dapat membayar pajak terhutang dengan menggunakan Surat Setoran Pajak Daerah (SSPD) yang dicetakkan oleh Bidang Penagihan dan diteruskan untuk membayar ke Bendaharawan Khusus Penerima (BKP) di Dinas Pendapatan Daerah atau ke Kas Daerah di Bankaltim, dan wajib pajak menerima bukti pembayaran yang sudah di validasi.